Nejztrátovější rychlíkovou tratí v Česku je trať Ostrava-Krnov-Olomouc. Stát na ni Českým drahám doplácí 225 Kč za každý ujetý kilometr, celkem 157 milionů korun za rok. Nejvíc stát dotuje dálkovou linku Německo-Děčín-Praha-Brno-Břeclav-Rakousko, kde celková dotace dosahuje 625 milionů korun ročně.
Údaje o rozdělení čtyřmiliardových dotací na rychlíkové linky Českých drah, které dosud odmítalo ministerstvo dopravy zveřejnit, resort zveřejnil na svých internetových stránkách. Čísla pocházejí z roku 2010. České dráhy proti kroku ministerstva chystají právní kroky.
Druhou nejztrátovější tratí v ČR byla trasa Praha-Rakovník, kde státní dotace Českým drahám činily 186 Kč na kilometr. Nejméně dotovaná byla trať Praha-Pardubice-Olomouc-Ostrava-Polsko, na niž ministerstvo dopravy doplácelo 2,50 Kč na kilometr. Tuto trať však nyní již stát nedotuje.
Železniční spojení Ostravy s Olomoucí přes Krnov je první tuzemskou tratí, na jejíž provozování ministerstvo dopravy vypsalo řádné výběrové řízení. Nynější tendr má sloužit jako pilotní projekt, podle kterého se budou liberalizovat i ostatní železniční spojení. O tendr mají zájem dopravci RegioJet a britská Arriva. Ministerstvo tuto trať údajně vybralo proto, že jde do jisté míry o izolované spojení a případné komplikace, které by se po vstupu nového dopravce mohly objevit, se neprojeví ve zbytku železniční sítě.
Stát dotuje většinu rychlíkových tratí provozovaných Českými drahami. Výjimkou je linka Praha-Ostrava. ČD také provozují na vlastní komerční riziko spoje obsluhované vlaky Pendolino a nové spoje D1 Express mezi Prahou a Brnem.
